PandémieDiffusion d’une maladie ou d’une épidémie de grande ampleur à l’échelle mondiale, sur plus d’un continent avec un nombre de décès important. La pandémie de maladie infectieuse à coronavirus de 2019-2020 (Covid-19) toucherait quelque 200 pays et territoires et aurait fait au moins 200.000 morts dans le monde pour plus de 2,5 millions de cas recensés au mois d’avril 2020. Le nombre de personnes décédées à cause du coronavirus (Covid-19) dans le monde au 16 décembre 2021, sur un total de plus de 250 millions d'infections liées au virus, 5,3 millions sont à ce jour décédées, dont plus de 115.000 en France. Avec plus de 790.000 morts, ce sont les États-Unis qui dénombrent le plus de victimes. La pandémie du coronavirus SAS-CoV-2, c’est donc la présence du Covid-19 sur l’ensemble de la planète.
PangolinÉgalement appelés fourmiliers écailleux. Mammifère insectivore édenté, au corps recouvert d'écailles cornées et imbriquées. Ils vivent dans les régions tropicales et équatoriales d'Afrique et d'Asie du Sud-Est, capturant fourmis et termites, dont il se nourrissent avec leur longue langue imprégnée d'une substance gluante. En tout, il existe huit espèces de pangolins : quatre vivent en Asie et quatre en Afrique. Le territoire du pangolin s’étend du Sénégal aux Philippines en passant par l’Inde, la Chine, ou encore l’Afrique du Sud. Il fouille les termitières, les excréments d'éléphant, les feuilles à terre, les bases de troncs, l'herbe et les buissons à la recherche de ses proies. Il est recouvert d'écailles mêlées de poils épars qui se superposent à la façon de tuiles, depuis le dessus de la tête jusqu'à l'extrémité de la queue, sur les flancs et les pattes. Selon les espèces, le corps, brunâtre et allongé, mesure entre 30 et 80 cm de long et il peut atteindre jusqu'à 1,50 m pour le pangolin géant. La plupart des espèces de pangolins sont nocturnes. Ils sont très craintifs et se roulent en boule dès qu’il se sentent menacés ou pour dormir. Ils utilisent leur odorat très développé pour trouver leur nourriture. Les espèces terrestres creusent des galeries qui peuvent mesurer plusieurs mètres de long, jusqu'à une profondeur de 3,5 m. Les pangolins sont tous menacés par la déforestation galopante, mais également par la chasse. Ce sont les mammifères les plus traqués et braconnés au monde. Les animaux sont prisés en tant que viande de brousse en Afrique, tandis que la viande est considérée comme un mets délicat en Chine et au Vietnam notamment. Dans l'ensemble de l'Asie, leurs écailles sont utilisées en médecine traditionnelle, car elles auraient des vertus thérapeutiques, selon certaines médecines traditionnelles d’Asie du Sud-Est, contre le cancer, l’impuissance ou l’acné. Malgré que les diverses espèces soient aujourd’hui protégées, des centaines de milliers de pangolins sont capturés en Asie du Sud-Est et en Afrique pour la consommation chinoise. Le trafic de pangolins dépasse probablement le million d’individus par an. On estime ainsi qu’entre 400.000 et 2,7 millions de pangolins sont chassés chaque année dans les forêts d'Afrique centrale. Depuis le début de l’épidémie de coronavirus, tous les regards sont braqués sur la ville de Wuhan en Chine et son marché d’animaux vivants, d’où semble être partie la pandémie de Covid-19. Il semble avéré que pour le SARS-CoV-2, le "réservoir", c’est-à-dire l’animal qui héberge le virus, soit bien une chauve-souris. Mais on ignore encore précisément de quelle espèce. Quant au pangolin, il pourrait être "l’hôte intermédiaire", autrement dit le deuxième maillon de la chaîne de contamination, qui permet au virus d’évoluer afin de parvenir à infecter l’espèce humaine. Mais là encore, ce n’est qu’une hypothèse et en réalité, les chercheurs n’ont pas encore identifié avec certitude l’animal qui joue ce rôle. Des équipes chinoises ont publié des études sur les virus d’une soixantaine de pangolins saisis par les douanes, au tout début de la contamination. Et ils ont découvert un taux de prévalence de plus de 40%. C’est-à-dire que 4 pangolins sur 10 présentent un virus de type SARS-CoV-2. Ce qui est énorme et totalement inattendu. Cela veut dire que si vous prélevez un pangolin sur un marché, il y a presque une chance sur deux pour qu’il soit infecté par un virus de type SARS-CoV-2. Par conséquent, le pangolin, cette espèce de fourmilier, pourrait être le chaînon manquant de la transmission de la chauve-souris à l’Homme. Il n’en demeure pas moins qu’on n’est toujours pas certains que le pangolin soit l’hôte intermédiaire qui a provoqué l’actuelle épidémie de Covid-19. Dans tous les cas, le trafic et la consommation d'animaux exotiques comme le pangolin favorisent l'émergence de zoonoses et leur présence dans les marchés devrait être prohibée. Depuis le 28 septembre 2016, le pangolin africain est classé par la CITES (Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacés d’extinction) dans les espèces menacées d’extinction. Les espèces asiatiques sont quant à elles « en danger critique d’extinction ».
Pass sanitaire Document au format papier ou numérique (via l’application TousAntiCovid), attestant que son porteur dispose d'un schéma vaccinal complet, la preuve d'un test négatif RT-PCR, antigénique ou un autotest réalisé sous la supervision d'un professionnel de santé de moins de 72h maximum, le résultat d'un test RT-PCR ou antigénique positif attestant du rétablissement du Covid, datant d'au moins 11 jours et de moins de 6 mois permettant d'indiquer un risque limité de réinfection au Covid-19. Pour résumer, ce passeport sanitaire permet de justifier d'une vaccination contre le Covid-19, d'un test négatif ou d'une immunité à la suite d'une infection. Doté d'un QR code individuel, il est contenu dans un smartphone ou sur un document papier. L’objectif est de limiter les risques de diffusion épidémique, de minimiser la probabilité de contamination dans des situations à risque, et donc la pression sur le système de soins, tout en permettant de maintenir ouvertes certaines activités ou lieux en complément des protocoles sanitaires propres à chaque secteur.
Passeport vaccinalAppelé aussi certificat de vaccination, est un document qui atteste qu'une personne a bien reçu les doses ou injections nécessaires du vaccin anti-Covid-19, c’est-à-dire une vaccination complète contre la Covid-19. Ce document officiel permet de voyager à l'étranger sans test pendant la pandémie de coronavirus. Il est entré en vigueur le 1er juillet 2021. Le passeport vaccinal est utile pour accéder à certains lieux publics ou événements rassemblant du public tels que musées, concerts, restaurants, activités culturelles, sportives, etc. Le passeport vaccinal est disponible en version numérique ou document à imprimer et harmonisé à l'échelle européenne. Un QR code précise que la personne a été vaccinée contre la Covid-19. En revanche, le passeport vaccinal ne fait pas état des tests négatifs ou des certificats de rétablissement au Covid. Ce n'est donc pas la même chose qu'un pass sanitaire.
Patient asymptomatiquePatient qui ne développe pas de symptôme. Patient qui a zéro symptôme.
Patient cas confirméPatient, symptomatique ou non, avec un prélèvement biologique confirmant la présence de SARS-CoV-2.
Patient cas possiblePatient présentant des signes cliniques d’infection respiratoire aiguë avec de la fièvre et ayant voyagé ou séjourné dans une zone d’exposition à risque.
Patient paucisymptomatiquePatient ne présentant que très peu de symptômes.
Patient sourcePatient porteur du virus ayant contaminé une ou plusieurs autres personnes.
Patient symptomatiquePatient présentant des symptômes évocateurs ou des signes de Covid-19.
Patient zéroInitialement le patient zéro est la première personne à avoir été contaminée par un virus ou un agent pathogène. Cette expression désigne la personne à l’origine de l’arrivée du virus sur un territoire. Patient zéro en Chine, patient zéro en France, patient zéro du Covid-19, etc.
PaucisymptomatiqueSe dit d’une affection ou d’une maladie dont les symptômes sont peu nombreux, discrets, pas visibles ou pas mesurables. Qui présente très peu de symptômes ou qui passe inaperçu.
Période d’incubationIl s’agit de la période entre l’entrée du virus dans l’organisme (contamination) et l’apparition des premiers symptômes (fièvre, toux, difficulté à respirer, etc.). Dans le cas du coronavirus, la durée moyenne d’incubation est de 4-5 jours avec une durée maximale de 14 jours. La plupart des cas de personnes exprimant la maladie se produisant environ 4 à 5 jours après l’exposition. Elle pourrait toutefois varier, car des périodes d’incubation allant jusqu’à 27 jours ont été observées. Une personne peut être contagieuse et porteuse du virus pendant la période d’incubation avant l’apparition des premiers symptômes.
Personne asymptomatiqueOn parle aussi de porteur sain ou silencieux. Le porteur sain a son organisme infecté par un agent infectieux, mais il ne présente pas de signes cliniques de cette infection (fièvre, difficultés respiratoires, toux). Certes il ne présente pas de symptômes et n’en aura jamais, mais il reste contagieux. Il peut sans le savoir transmettre l’agent infectieux aux personnes qu’il côtoie, notamment par diffusion directe de ses sécrétions orales et nasales. Toutefois un porteur asymptomatique serait moins contagieux qu’une personne qui présente des symptômes, puisqu’il ne tousse ni n’éternue pas. C’est le cas de beaucoup d’enfants, d’adolescents et de jeunes adultes atteints par le Covid-19.
Personne contactPersonne ayant été en contact avec un « patient cas confirmé » avec différents niveaux de risques (négligeable, faible et modéré, élevé). Personne qui a été en contact avec un cas de Covid-19/avec une personne testée positive au coronavirus.
Personne immunodépriméeSe dit d’une personne dont les défenses immunitaires sont affaiblies et est exposée aux risques d’infections plus ou moins sévères. Ces personnes ont une susceptibilité élevée aux infections.
Personnes célèbres ayant contracté le Covid-19Le président américain Donald Trump a annoncé sur Twitter, dans la nuit de jeudi à vendredi 1-2 octobre 2020, qu'il avait été testé positif au Covid-19, tout comme sa femme Melania, et qu'il se mettait en quarantaine. Il a été hospitalisé vendredi soir 2 octobre de façon préventive à l'hôpital militaire Walter Reed à Bethesda, en banlieue de Washington.
Le créateur japonais Kenzo Takada est décédé le dimanche 4 octobre 2020 des suites du Covid-19, à l'âge de 81 ans, à l'hôpital américain de Neuilly-sur-Seine.
Pic de l’épidémieOu « pic épidémique » ou « point d’inflexion de l’épidémie ». Moment où le nombre de contaminations régresse d’un jour sur l’autre, et donc la courbe s’infléchit. C’est quand le nombre de cas de coronavirus redescend et que la courbe de progression (du virus) se réduit. Le terme pic sous-entend une décroissance rapide. Et plus le confinement est efficace, plus le pic arrive tôt. Appelé parfois pic du taux de mortalité, annonciateur d’un reflux ou d’une décrue de la contagion.
Plateau épidémiqueIl s’agit d’une lente décrue qui peut prendre la forme d’un plateau. Le plateau serait un pic épidémique un peu raboté ou aplati par le confinement. C’est la phase où le nombre de personnes contaminées ou le nombre de cas de coronavirus stagne, se stabilise avant de diminuer. Pour qu’un plateau apparaisse il faudrait que le nombre moyen de personnes infectées par un malade, autrement dit la contagiosité, appelée Ro, reste très proche de 1 pendant plusieurs jours. Cela signifierait qu’une personne en contamine une seule autre.
Polémiques autour du coronavirusDe nombreuses divergences entre chercheurs et aussi entre spécialistes et hommes politiques sont apparues en pleine pandémie de Covid-19. On retiendra la polémique autour de la chloroquine, plébiscitée par le Professeur Didier Raoult, dans le traitement du Covid-19. Celle autour de la prometteuse étude sur le tocilizumab, dont les résultats des essais menés dans les hôpitaux de Paris (AP-HP) avaient été présentés comme positifs contre le Covid-19, ce qui a conduit à une démission collective du comité de surveillance de l’essai. La polémique autour d’un futur vaccin contre le Covid-19, que le géant pharmaceutique français Sanofi veut livrer en priorité aux États-Unis. La polémique encore autour du remède miracle Covid-Organics (tisane à base d’artemisia) de Madagascar, lancé le 20 avril 2020 par le président malgache Andry Rajoelina. La polémique autour du président Trump, qui suggère une injection de désinfectant ou des UV contre le Covid-19. Ou qui avait annoncé le recours à la chloroquine comme possible traitement du Covid-19 aux États-Unis et qui le 18 mai 2020 a dit, lors d’un surprenant échange avec des journalistes, prendre à titre préventif un comprimé par jour d’hydroxychloroquine, depuis une semaine et demie. Enfin, on se souvient de polémiques en France sur la gestion de la lutte contre le coronavirus, le respect des gestes barrières, autour du manque de masques, de tests de dépistage et de respirateurs, autour de l’immunisation, autour de l'origine du coronavirus, autour de la réouverture annoncée des écoles, autour de l’application Stop Covid de traçage numérique, autour du recensement des décès dus au Covid-19 et autour des EHPAD. Mais l'heure ne devrait-elle pas être à la solidarité et non à la polémique ?
Pooling (technique du)Technique qui consiste à tester un mélange d’échantillons; technique de mise en commun ou de groupage des échantillons afin de pouvoir tester plus de monde en même temps. Cela consiste à mélanger les prélèvements de plusieurs personnes (entre 5 et 30 personnes) pour n’en faire qu’un. Si le résultat est négatif, cela veut dire que le groupe est négatif, et si le résultat est positif, à ce moment-là, il faut tester individuellement pour savoir quelles personnes sont porteuses du virus. Il s’agit donc d’un dépistage de masse en une seule fois et on investigue au cas par cas, uniquement si le mélange est positif. Ceci permettant de réduire le nombre de tests à faire et de traiter beaucoup plus rapidement la grande majorité des cas négatifs.
Porteurs asymptomatiquesCeux qui ne présentent aucun signe clinique de la maladie et ne sont pas dépistés en France. Patient identifié positif par les tests et resté sans symptôme ou qui ne développe pas de symptôme.
Porteurs paucisymptomatiquesPorteurs ne présentant que très peu de symptômes.
Porteurs sainsCeux qui ont le Covid-19 et qui manifestent peu ou pas de symptômes.
Porteurs symptomatiquesCas de patient qui développent des symptômes ou présentent des symptômes évocateurs du Covid-19.
Prélèvement nasopharyngéConsiste à introduire l'écouvillon dans la narine jusqu'au nasopharynx et récupérer autant de cellules que possible par légère rotation de l'écouvillon. Sur ce prélèvement, on peut effectuer une technique de révélation par PCR ou par test antigénique rapide. La détection du génome du virus SARS-CoV-2 par RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé reste le test de référence pour le diagnostic et le dépistage de l'infection à SARS-CoV-2, compte tenu de son efficacité en termes de sensibilité et de spécificité. La qualité de ce prélèvement virologique pour la recherche de SARS-CoV-2 conditionne très fortement la fiabilité du résultat de l'examen biologique. Toutefois, ce prélèvement est désagréable et certains patients peuvent le refuser ou ne pas être en capacité de le faire.
Prélèvement oropharyngéConsiste à introduire l'écouvillon par la bouche, jusqu'à l'arrière-gorge (oropharynx). Il est de qualité inférieure au prélèvement nasopharyngé et peut être considéré comme parfois désagréable (réflexe nauséeux, toux). Sur ce prélèvement, on peut effectuer une technique de révélation par PCR ou par test antigénique rapide.
Prélèvement salivaireIl s'agit d'un prélèvement où les quantités de virus sont faibles. Il est réservé aux patients avec symptômes ou personnes-contacts, lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficile ou impossible, chez les personnes asymptomatiques lors de dépistages ciblés comme en milieu scolaire, chez les enfants entre 3 et 11 ans. Seule la technique PCR est possible sur le prélèvement salivaire compte tenu de la charge virale faible.
Principes actifsDésigne une substance qui possède des propriétés thérapeutiques ou bien une molécule qui dans un médicament possède un effet thérapeutique. Un principe actif peut être un ensemble de composés chimiques ou une substance naturelle végétale, minérale ou animale. On trouve des principes actifs dans certaines plantes et surtout dans les médicaments. Mais ils ne représentent qu’un faible pourcentage de la composition des médicaments, face au poids des ingrédients inertes que l’on nomme excipients (un excipient est une substance dans un médicament, autre que la substance active, destinée à apporter une consistance, un goût, une couleur à un médicament, en évitant toute interaction avec le principe actif). Les principes actifs sont donc utilisés dans la fabrication des médicaments. Ils sont biologiquement actifs et sont destinés au traitement des maladies. La plupart des principes actifs sont fabriqués en Asie et notamment en Chine et en Inde.
Profil des patients contaminésC’est surtout les hommes qui sont infectés à hauteur de 59,1% contre 40,9% de femmes. En réanimation les patients sont à 74% des hommes et 26% des femmes. Le Covid-19 tue davantage les plus vieux. L’âge du patient moyen décédé à l’hôpital étant de 80,5 ans. Selon les chiffres publiés, 90% de ces patients avaient alors plus de 65 ans et 9% entre 45 et 64 ans. En réanimation 57% des malades sont âgés de 65 ans et plus, 33% ont entre 45 et 64 ans et 7% entre 15 et 44 ans. L’immense majorité des patients morts à l’hôpital du Covid-19 présentaient une autre pathologie, soit 90% d’entre eux. 51% avaient une maladie cardiaque, 37% souffraient de diabète et 24% d’une maladie pulmonaire. 83% des malades du Covid-19 admis en réanimation sont en surpoids ou obèses, avec souvent une hypertension artérielle et un diabète associé. En France, l’obésité concerne 15% de la population.
Profils à risquesPersonnes vulnérables âgées de plus de 80 ans, les plus fragiles comme les sujets atteints de maladies cardiovasculaires, d’insuffisance rénale chronique, les diabétiques et les personnes souffrant de maladies respiratoires chroniques, d’hypertension artérielle ou en surpoids et plus généralement ceux atteints de comorbidités.
Propagation communautaireLa propagation dans la communauté fait référence à des personnes au même endroit contractant le virus sans enchaînement évident d’événements. Le SARS-CoV-2 est très contagieux et se propage par des gouttelettes infectées (toux, éternuements, expectorations, salive) et des objets contaminés comme une poignée de porte ou d’autres sources communes. La propagation de personne à personne signifie que vous pouvez retracer comment la maladie est passée d’une personne à l’autre par contact direct, comme s’embrasser ou se serrer la main.
Propagation du virusDes mesures sanitaires sont prises par tous les gouvernements pour limiter la propagation du virus. Les gestes barrières, le confinement, le port du masque, les campagnes de tests sont toutes de nature à freiner la propagation du virus.
Protections des soignantsTenues de protection comme des gants à usage unique, des masques médicaux (masque chirurgical ou FFP2), des combinaisons et blouses jetables, des blouses type bloc opératoire à usage unique, des surblouses à manches longue et à usage unique, des surchaussures, des charlottes et calots couvrants, des tabliers jetables, des lunettes ou visières, des mouchoirs à usage unique.
Protéine SpikeAppelée aussi protéine S. Cette protéine est la clé qui permet au nouveau coronavirus SARS-CoV-2 de pénétrer dans nos cellules. C'est celle qui sert au virus à infecter les cellules. De plus, elle est la cible d’anticorps produits par l’organisme après infection, et celle de vaccins actuellement en développement. Cette protéine S joue un rôle clé dans l’infection virale. C’est elle qui permet au coronavirus de se fixer, via un domaine de liaison (RBD), à un récepteur membranaire présent à la surface des cellules cibles. Ce récepteur est désigné sous le nom de ACE2. En fait la protéine virale S est la clé qui s’adapte à la serrure ACE2, présente sur les cellules hôtes. Après liaison au récepteur cellulaire ACE2, la protéine S intervient dans la fusion de l’enveloppe virale avec la membrane cellulaire, permettant ainsi au virus d’entrer dans la cellule hôte, d’y introduire son matériel génétique, pour s’y reproduire par la suite.
Protocole RobertRobert pour « robust and privacy-preserving proximity tracing ». Projet piloté en France par des chercheurs de l’Institut national de recherches en sciences et technologies du numérique (Inria). Application numérique anti-coronavirus destinée à limiter la diffusion du virus en identifiant les chaînes de transmission. L’idée serait de prévenir les personnes qui ont été en contact avec un malade testé positif, afin qu’elles se fassent tester elles-mêmes, et si besoin qu’elles soient prises en charge très tôt ou bien qu’elles se confinent. Application basée sur une installation volontaire par les utilisateurs de smartphones et qui serait basée sur la communication Bluetooth, qui permet de conserver l’anonymat et qui permet aussi l’échange de données à très courte distance, sans géolocalisation. Un tracking de la population pourrait ainsi éviter que le déconfinement ne soit synonyme de deuxième vague de l’épidémie en empêchant notamment les nouveaux foyers de pulluler à la fin du confinement. Lorsque deux personnes se croisent pendant une certaine durée et à une distance rapprochée, le téléphone portable de l’une enregistre les références de l’autre dans son historique. Si un cas positif se déclare, ceux qui auront été en contact avec cette personne sont prévenus de manière automatique.
Protocole sanitaireRègles ou mesures mises en place conciliant l'activité économique, culturelle, scolaire, sportive, etc. avec la protection sanitaire de la population face à l’épidémie de la Covid-19.